Una vez cerrado el ingreso a depósito, la mercancía queda disponible para su almacenamiento. Además, se dispone de instalaciones especiales, para el almacenaje de cargas peligrosas (explosivos, radiactivos, inflamables, tóxicos) separándolas por tipo de riesgo, así como un sector destinado a animales vivos y un sector de armas.

Las cargas permanecen en dichas ubicaciones hasta que son requeridas para su verificación o retiro. La verificación de la carga por personal de Aduana se efectuará en un sector especialmente acondicionado para estas tareas.